El perfilado de metilación del DNA clasifica el neuroblastoma en tres subtipos clínicamente diferenciados

El neuroblastoma es uno de los cánceres pediátricos con mayor heterogeneidad clínica, con un espectro que va desde tumores que regresan espontáneamente hasta enfermedad agresiva de alto riesgo con una mortalidad superior al 50%. La estratificación de riesgo actual se basa en la edad, el estadio de la enfermedad, la amplificación de MYCN y el estado de deleción del 11q. Evidencia reciente sugiere que los mecanismos de mantenimiento telomérico (TMM) —ya sea la reactivación de TERT o la vía alternativa de alargamiento de telómeros (ALT)— son potentes factores pronósticos independientes. Este estudio evaluó si un clasificador basado en metilación del DNA podría estratificar el neuroblastoma en subgrupos moleculares con relevancia clínica.

Los investigadores aplicaron el clasificador Molecular Neuropathology (MNP) v12.5 a dos cohortes: una cohorte sueca local de 90 tumores y 213 muestras de acceso público provenientes de la base de datos estadounidense Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatments (TARGET). Se utilizaron arrays de metilación (Illumina 450K/EPIC), y las puntuaciones calibradas (CS) determinaron una clasificación segura (CS ≥ 0,9), asociación (CS 0,3–0,89) o sin correspondencia (CS < 0,3). Los resultados del clasificador se correlacionaron con alteraciones genómicas —incluyendo amplificación de MYCN, reordenamientos de TERT, mutaciones en ATRX, marcadores de ALT (c-circles) y alteraciones en el número de copias cromosómicas— así como con datos de supervivencia de los pacientes.

A nivel de superfamilia, el 90% de las 303 muestras se clasificó como neuroblastoma con alta confianza. A nivel de subclase, aproximadamente el 66% alcanzó una clasificación segura: tipo MYCN, ALT/TERT TMM positivo o TMM negativo. La validación genómica en la cohorte local confirmó que todos los casos clasificados como TMM positivos con datos disponibles presentaban alteraciones en TERT o ATRX, o positividad para c-circles. Cabe destacar que algunos tumores con reordenamiento de TERT se clasificaron como tipo MYCN en lugar de TMM positivo, lo que sugiere que los patrones de metilación impulsados por MNA pueden enmascarar o solaparse con las firmas epigenéticas asociadas a TERT. Un subgrupo de casos tipo MYCN carecía de amplificación genómica evidente de MYCN, lo que podría implicar a mutaciones activadoras de ALK como impulsoras de un paisaje de metilación similar.

El análisis de supervivencia mostró que los pacientes tipo MYCN y ALT/TERT TMM positivo presentaron resultados comparablemente desfavorables, ambos significativamente peores que el grupo TMM negativo. Los arrays de metilación también permitieron inferir alteraciones en el número de copias cromosómicas: la deleción del 1p y la ganancia del 17q se encontraron enriquecidas en los tumores tipo MYCN, mientras que las combinaciones de pérdida del 11q, pérdida del 3p, ganancia del 7q y ganancia del 17q caracterizaron los casos TMM positivos. Esto plantea la posibilidad de que los arrays de metilación puedan reemplazar o complementar a los arrays de SNP en la caracterización genómica de uso estándar.

Si bien el clasificador demostró un rendimiento global sólido, aproximadamente el 34% de las muestras no alcanzó una asignación segura a nivel de subclase, y se observaron discrepancias entre las características genómicas y la clasificación por metilación en una minoría significativa de casos. Los autores reconocen las limitaciones, entre ellas las diferencias en la composición de las cohortes, la variación entre plataformas de arrays y la ausencia de datos completos de TMM para todas las muestras. No obstante, el estudio establece la clasificación basada en metilación del DNA como una herramienta de diagnóstico molecular prometedora para el neuroblastoma, con potencial para integrar el estado del TMM, las alteraciones en el número de copias (CNA) y la estratificación de riesgo en un único ensayo.