Le dysfonctionnement du microbiote intestinal alimente le COVID long — et le corriger pourrait apporter un soulagement

Le COVID long, officiellement appelé syndrome post-aigu COVID-19 (PACS), a touché environ 409 millions de personnes dans le monde depuis 2020. Les patients présentent des symptômes débilitants, multi-systémiques — fatigue, troubles cognitifs, troubles gastro-intestinaux, anxiété, perturbations du sommeil et bien d'autres — pendant des mois ou des années après l'infection par le SARS-CoV-2. Malgré son lourd fardeau, des traitements efficaces restent difficiles à trouver. Cette revue exhaustive de 2025, réalisée par Lau, Su et Ng de l'Université chinoise de Hong Kong, examine le corpus croissant de preuves reliant la dysbiose du microbiote intestinal à la pathogenèse du PACS et évalue les stratégies thérapeutiques ciblant le microbiome.

Les auteurs ont passé en revue de manière systématique des études publiées entre décembre 2019 et décembre 2024, s'appuyant sur des études observationnelles, des recherches sur les animaux, des essais cliniques et des méta-analyses. À travers 14 études observationnelles menées en Chine, au Brésil, à Hong Kong, au Japon, en Lettonie, en Norvège, en Russie et aux États-Unis, un schéma constant est apparu : les patients atteints de PACS présentent une diversité et une richesse bactériennes intestinales significativement réduites par rapport aux sujets sains. Cette dysbiose était détectable dès 20 jours après l'infection et persistait jusqu'à 14 mois après l'élimination du virus dans certaines cohortes.

Au niveau du genre bactérien, Bacteroides et Flavonifractor étaient systématiquement enrichis chez les patients atteints de PACS, tandis que Bifidobacterium et Dorea étaient systématiquement appauvris. Au niveau des espèces, Ruminococcus gnavus — associé à l'inflammation et à des affections telles que les MICI, le SII et le cancer colorectal — était régulièrement élevé dans le PACS, tandis que Faecalibacterium prausnitzii — un producteur clé de butyrate aux propriétés anti-inflammatoires — était systématiquement réduit. Ces altérations du microbiome semblent contribuer au PACS via plusieurs mécanismes : une production altérée d'acides gras à chaîne courte (notamment le butyrate), une perméabilité intestinale accrue (« intestin perméable »), une dérégulation immunitaire systémique via l'axe intestin-poumon, une neuroinflammation affectant l'axe intestin-cerveau, et un métabolisme perturbé du tryptophane et de la sérotonine.

Sur le plan thérapeutique, la revue met en évidence des données prometteuses issues d'essais cliniques. Des formulations probiotiques et synbiotiques (associant des probiotiques à des prébiotiques) ont significativement réduit la fatigue, les symptômes gastro-intestinaux et les plaintes cognitives chez les patients atteints de PACS. La TMF — transplantation de selles de donneurs sains vers des patients atteints de PACS — a montré une efficacité particulièrement large, améliorant la fatigue, les pertes de mémoire, la concentration, la fonction gastro-intestinale, le sommeil et l'humeur dans des essais contrôlés randomisés. Des interventions diététiques privilégiant les fibres et les aliments d'origine végétale pour soutenir la restauration du microbiome sont également abordées en tant que stratégies complémentaires.

Les auteurs reconnaissent d'importantes mises en garde : la plupart des études observationnelles avaient de petits effectifs et des populations de patients hétérogènes ; les variants spécifiques du SARS-CoV-2, la sévérité de la maladie et l'exposition aux antibiotiques variaient d'une étude à l'autre, ce qui complique les comparaisons. La causalité entre la dysbiose et des symptômes spécifiques du PACS n'a pas été pleinement établie. Néanmoins, la convergence des données mécanistiques et cliniques positionne le microbiote intestinal comme l'une des cibles thérapeutiques les plus concrètes dans le COVID long — et potentiellement dans d'autres affections chroniques post-infectieuses.