Votre microbiote intestinal pourrait faire ou défaire votre traitement contre le cancer

Le microbiote intestinal n'est plus considéré comme un simple spectateur passif dans le cancer — il est un participant actif tant dans la formation tumorale que dans la réponse de l'organisme au traitement. Cette revue de 2026 publiée dans <em>Nature Reviews Microbiology</em> par Hajjar, Mars et Kashyap synthétise des décennies de recherche en un cadre unifié permettant de comprendre comment les communautés microbiennes influencent la biologie du cancer et comment les cliniciens pourraient exploiter ces relations à des fins thérapeutiques.

Du côté de la carcinogenèse, certains taxons bactériens exercent des effets oncogènes par le biais de plusieurs mécanismes. La colibactine, produite par les souches <em>pks</em>+ d'<em>E. coli</em>, induit des cassures double brin de l'ADN et une alkylation, favorisant l'instabilité génomique. La toxine de <em>Bacteroides fragilis</em> (BFT) perturbe la réparation de l'ADN et déclenche une hyperméthylation des îlots CpG. Les acides biliaires secondaires produits par les bactéries intestinales suppriment les lymphocytes T CD8+ cytotoxiques, essentiels à la surveillance immunitaire. <em>Fusobacterium nucleatum</em>, qui migre de la cavité buccale vers l'intestin, favorise des conditions pro-inflammatoires dans le microenvironnement tumoral (TME) des cancers colorectaux. Le microbiome agit également comme régulateur épigénétique : le butyrate (un acide gras à chaîne courte issu de la fermentation des fibres) inhibe les histones désacétylases, activant ainsi les gènes suppresseurs de tumeurs dans les cellules néoplasiques. La revue propose un modèle convaincant dans lequel des perturbations cumulatives du microbiome tout au long de la vie — dues à la surconsommation d'antibiotiques, aux régimes ultra-transformés et au stress chronique — abaissent progressivement le seuil d'initiation du cancer, à l'image des événements génétiques séquentiels de l'oncogenèse classique.

En matière de traitement, le microbiome influence profondément la pharmacologie des médicaments. La dihydropyrimidine déshydrogénase (DPD) bactérienne inactive le 5-FU, tandis que les β-glucuronidases bactériennes réactivent le métabolite toxique SN-38 de l'irinotécan dans l'intestin, provoquant une mucite et une diarrhée limitant les doses. Les <em>Gammaproteobacteria</em> exprimant la cytidine désaminase désaminent et inactivent la gemcitabine. À leur tour, les médicaments anticancéreux remodèlent le microbiome — l'oxaliplatine endommage le système nerveux entérique et modifie les communautés microbiennes, tandis que le 5-FU possède une activité antimicrobienne directe qui appauvrit les taxons bénéfiques.

Les résultats de l'immunothérapie sont eux aussi dépendants du microbiome. La composition microbienne intestinale influence l'efficacité des inhibiteurs de points de contrôle immunitaires (anti-PD1, anti-PDL1, anti-CTLA4) en régulant l'équilibre entre les lymphocytes T CD8+ cytotoxiques, les lymphocytes T régulateurs, les cellules dendritiques et les cellules suppressives dérivées des myéloïdes. Les antibiotiques à large spectre, en perturbant ce paysage microbien, réduisent de manière constante l'efficacité de l'immunothérapie, tous types de tumeurs confondus. La transplantation de microbiote fécal (FMT) de répondeurs à l'immunothérapie vers des non-répondeurs a montré des résultats cliniques préliminaires prometteurs pour restaurer la sensibilité au traitement.

La revue souligne que les stratégies ciblant le microbiome — notamment les interventions en fibres alimentaires, les prébiotiques, les probiotiques, les synbiotiques et les postbiotiques — constituent des adjuvants modulables aux soins oncologiques conventionnels. Des thérapies bactériennes génétiquement modifiées sont également en cours d'émergence. Les auteurs appellent à des approches personnalisées et guidées par les mécanismes, ainsi qu'à des essais cliniques mieux conçus tenant compte de l'hétérogénéité du microbiome, de la causalité par rapport à l'association, et de l'activité microbienne spécifique aux sites. L'intégration multi-omique pilotée par l'IA est identifiée comme un outil clé pour faire progresser la translation clinique.