Comment le microbiote influence le cancer et pourrait ouvrir la voie à de meilleurs traitements

Le microbiote — comprenant les bactéries, les champignons, les virus et les archées colonisant l'intestin, la cavité buccale, la peau et le tissu tumoral lui-même — s'est imposé comme un axe critique mais sous-estimé en biologie du cancer. Cette revue de 2025 publiée dans iMeta, rédigée par un large consortium international, synthétise l'état actuel des données probantes sur l'ensemble du spectre des types de cancers et des compartiments du microbiote. Les auteurs soutiennent que le microbiote n'est pas un simple spectateur, mais un participant actif à l'oncogenèse, à la modulation immunitaire et à la réponse thérapeutique, ce qui en fait une cible prioritaire pour la médecine oncologique de nouvelle génération.

La revue détaille les multiples voies mécanistiques par lesquelles les microbes favorisent la carcinogenèse. Fusobacterium nucleatum, fortement impliqué dans le cancer colorectal, active la signalisation Wnt/β-caténine et supprime l'activité des cellules NK et des lymphocytes T, tout en produisant l'adhésine FadA qui envahit directement les cellules épithéliales. Helicobacter pylori favorise le cancer gastrique via l'injection de l'oncoprotéine CagA, induisant une inflammation chronique et des cassures double brin de l'ADN. Certaines souches d'Escherichia coli portant l'îlot génomique pks produisent la colibactine, une génotoxine qui génère des signatures mutationnelles caractéristiques (SBS88 et ID18) désormais détectables dans les génomes de cancers colorectaux. Des bactéries orales, notamment Porphyromonas gingivalis et Treponema denticola, sont enrichies dans le tissu de l'adénocarcinome canalaire pancréatique et corrèlent avec un pronostic défavorable. Le mycobiote intratumoral — les communautés fongiques au sein des tumeurs — est également examiné, avec des espèces de Malassezia dont il a été montré qu'elles activent les voies du complément et favorisent la progression du cancer du pancréas dans des modèles murins.

Sur le plan protecteur, la revue synthétise des données probantes solides selon lesquelles la diversité du microbiote et certains taxons — notamment Akkermansia muciniphila, Faecalibacterium prausnitzii et les espèces de Bifidobacterium — sont associés à une amélioration des réponses au traitement par inhibiteurs de points de contrôle PD-1/PD-L1 dans le mélanome, le cancer du poumon non à petites cellules, le carcinome à cellules rénales et d'autres types tumoraux. Sur le plan mécanistique, ces bactéries favorisent la maturation des cellules dendritiques, augmentent l'infiltration des lymphocytes T CD8+ dans les tumeurs et stimulent la production d'acides gras à chaîne courte (AGCC) qui modulent la différenciation des lymphocytes T régulateurs. Plusieurs études cliniques citées dans la revue montrent que les patients présentant une abondance élevée d'Akkermansia au départ obtiennent des taux de réponse objective environ 2 à 3 fois plus élevés sous thérapie anti-PD-1 par rapport aux patients à faible abondance.

La revue consacre une attention substantielle à la modulation thérapeutique du microbiote. La transplantation de microbiote fécal (FMT) de patients répondeurs à l'immunothérapie vers des non-répondeurs a démontré sa preuve de concept dans de petits essais cliniques : deux études fondatrices (Davar et al. et Baruch et al., toutes deux de 2021) ont montré que la FMT de répondeurs au mélanome permettait de convertir certains non-répondeurs en répondeurs, avec des taux de réponse d'environ 20 à 30 % chez des patients lourdement prétraités. Les bactéries modifiées — telles qu'E. coli Nissle programmée pour produire de l'IL-2 ou des nanobodies anti-CD47 sélectivement au sein du microenvironnement tumoral — représentent une approche de pointe présentant des résultats précliniques précoces prometteurs. La phagothérapie ciblant des bactéries oncogènes comme F. nucleatum est également envisagée comme stratégie de précision pour éliminer les espèces pro-tumorigeniques sans provoquer de dysbiose généralisée.

Les auteurs reconnaissent une hétérogénéité méthodologique significative dans ce domaine, notamment des méthodes de profilage du microbiote inconsistantes (ARNr 16S versus métagénomique shotgun), l'absence de protocoles standardisés de biobanque, et la difficulté à distinguer causalité et corrélation dans les études humaines. Des facteurs confondants tels que l'alimentation, l'utilisation d'antibiotiques, la géographie et la génétique de l'hôte compliquent l'interprétation. La revue appelle à la mise en place de grandes études de cohorte prospectives et multi-omiques, ainsi qu'à des protocoles standardisés. En dépit de ces réserves, les auteurs concluent que les outils diagnostiques et thérapeutiques fondés sur le microbiote approchent de la maturité clinique, et que l'intégration du profilage du microbiote dans les essais oncologiques devrait devenir une pratique standard.